En SEO affiliate er en affiliate, som primært benytter søgemaskineoptimering (Search Engine Optimization) for at drive trafik til sine affiliate-tilbud. Det vil sige, at fokus er på at bygge hjemmesider eller sider, der rangerer højt i Google (og andre søgemaskiner) for relevante søgeord – organisk, ikke via betalte annoncer. SEO affiliates investerer tid i at producere kvalitetsindhold, optimere teknisk SEO, opbygge backlinks og generelt øge deres siders autoritet, så de kan tiltrække “gratis” trafik fra søgninger. Fordelen er, at når først siderne rangerer godt, kan trafikken og indtjeningen blive ved i lang tid med relativt lav marginal omkostning. Ulempen er, at det tager tid at opnå gode placeringer, og der er ingen garanti, da algoritmer kan ændre sig. Eksempel: En affiliate ser en mulighed i “kæledyrsforsikring” niche og laver en hjemmeside med guides om dyreforsikringer, sammenligninger af selskaber osv. Gennem grundig SEO-indsats begynder siden efter nogle måneder at rangere på første side i Google for søgeord som “bedste hundeforsikring” og “katteforsikring pris”. Trafikken er værdifuld, da de besøgende har høj intention om at købe en forsikring. Affiliaten har affiliate-links til forsikringsselskaberne integreret i sine sammenligninger, og hver gang en læser tegner en forsikring via linket, får affiliaten kommission (enten CPL for lead eller CPS som % af første års præmie). Denne SEO affiliate-model betyder, at affiliaten ikke bruger penge per klik (som ved PPC), men snarere intellektuel kapital og tid. Mange såkaldte niche-sider og authority sites er drevet af SEO affiliates, og succesfulde eksempler kan få meget høje placeringer og indtjening, men kræver vedligehold for at beholde deres rang over tid.