Kommission er den betaling eller belønning, som en affiliate tjener for at skabe en ønsket handling for annoncøren. Kommissionen kan udregnes som en procentdel af salget (fx 10% af ordreværdien) eller som et fast beløb per konvertering (fx 50 kr pr. lead). Strukturen for kommission fastsættes i affiliate-programmet og afspejler typisk værdien af den ønskede handling for annoncøren. Eksempel: Et affiliate-program for software kan tilbyde 20% kommission pr. salg – sælger affiliaten en licens til 1.000 kr, modtager de 200 kr i kommission. Affiliate-netværk (som affilyflow.com) sørger for at spore alle disse kommissioner præcist og udbetale dem til affiliates ifølge programmets vilkår.